Imaris在神经领域的应用

2D脑片配准及信号识别

使用Fiji将脑片和图谱进行配准，巧妙使用Cell模型对脑区进行分割，使用Spot对信号进行识别统计。

3D全脑配准

使用Imaris准确的信号识别 (Spot， Surface血管)，将识别的信号载入到标准脑中，便于展示信号的相对空间位置以及比较不同组别的信号分布。

胶质细胞的识别，统计参数的介绍

使用Filament，对microglia的process进行识别，重构后的模型可以得到 Number of branch\ sholl of intersection\convex hull\ the ratio of soma volume and convex hull volume等统计量。

重构后的Filament—create channel，相较于单一阈值分割（threshold）可以更加准确的提取胶质细胞的形态，该步对于后期计算细胞motility是一个很不错的mask方法。